Percorrendo il ponte, detto dell'Avanzata, si entra nel castello. Subito dopo l'ingresso, sulla sinistra del vestibolo, si apre la cappella rinascimentale dedicata a S. Leonardo, di ammirevole semplicità e di esemplare razionalità. La cripta, sottostante la navata, è stata esplorata nel novembre 2003; sotto il piano di calpestio è stato rinvenuto un silos pieno di terra e, in questa, frammenti di ceramica del XIII e XIV secolo nonché una moneta di Federico II del 1245, contemporanea pertanto all'ordine dell'imperatore svevo di ristrutturazione del castello di Taranto.

Entrati nel cortile, sul lato sinistro si vedono i locali originariamente adibiti a caserma; di fronte, il grande androne con volta a botte dell'ingresso di levante dove si attestava l'antico ponte, definito del Soccorso e da dove inizia la scalinata di discesa a mare del XIX secolo.

Sulla destra spicca il maschio quadrangolare alla cui base si apre una sala, impropriamente denominata di Celestino V; accanto al maschio la scala che porta alla residenza del castellano. Il locale di maggiori dimensioni, attuale ufficio di rappresentanza del Comandante in Capo del Dipartimento, era forse la sala del castellano.

Sullo spigolo sud - est del cortile si apre il tunnel di accesso al torrione di S. Cristoforo, il più grande di tutti con un diametro di 28 metri, che costituiva l'elemento difensivo più importante per le dimensioni e l'armamento. Lasciato incompleto all'interno dagli Aragonesi, fu terminato dagli Spagnoli che probabilmente riempirono di malta la casamatta superiore ubicata nel tamburo al fine di ottenere una piazzola sommitale per l'utilizzazione delle artiglierie. Dell'antico sistema di difesa della parte alta della torre rimangono le cannoniere accessibili solo dall'esterno.

E' invece accessibile la parte inferiore del torrione, parzialmente restaurata nell'autunno 2004 da personale di Maridipart Taranto e costituita da un androne e da quattro casamatte forse attribuibili al periodo napoleonico; nelle prime due sono stati installati nell'autunno 2005 due pezzi d'artiglieria del XVIII secolo puntati verso il Mar Grande e l'accesso al fossato. L'androne mette anche in comunicazione con il corridoio di ingresso al torrione e con un cunicolo scavato nella roccia; cunicolo e diramazione laterale, aperta nell'inverno 2004, potrebbero essere i resti di un acquedotto di epoca classica inglobato nel castello come sembrerebbe confermato da una polla d'acqua dolce potabile subito sotto il piano di calpestio.

Usciti sulla banchina si può osservare l'esterno del torrione di S. Cristoforo e, verso il Mar Grande, il Rivellino. Proseguendo lungo il canale navigabile si ha una visione d'insieme dell'intero fronte orientale del castello, caratterizzato da un cordolo di pietra e da una sequela ininterrotta di archetti e beccatelli che vanno dal torrione di S.Cristoforo al torrione di S.Lorenzo.

Al di là di quest'ultimo torrione appare il muro di Crispano edificato dal castellano Matteo Crispano quasi al termine dei lavori di ristrutturazione per unire il torrione di S. Lorenzo e il torrione di S. Angelo; questo torrione, demolito a fine 800, era stato costruito dalla città a proprie spese e l'inglobamento nel castello regio suscitò le fiere proteste dei tarantini.

Il torrione di S. Lorenzo, alterato a fine 800 per installarvi l'impianto di movimentazione idraulica del ponte girevole, (impianto rimosso nel 1930), è stato restaurato nel 2005; entrando nella casamatta alla base del torrione, gli elementi più evidenti sono il pozzo profondo 20 metri scavato a fine 800 e la scala che sale sino alla parte più alta della torre. Lasciato il torrione, si percorre un corridoio a volta ogivale che porta all'ingresso della galleria Svevo-Angioina. Tale ingresso, anch'esso a volta ogivale, restaurato nell'autunno 2004 da un operaio del Dipartimento, appare risalire ai periodi più antichi del castello. La galleria Svevo-Angioina adiacente all'ingresso collega tra loro i torrioni di S. Lorenzo e dell'Annunziata ed è stata restaurata nei primi 7 mesi del 2004 da operai di Maridipart Taranto.

La volta ogivale, la collocazione sul piano più basso del castello, la disomogeneità delle pareti contribuiscono ad attribuire a tale ambiente una possibile datazione svevo-angioina e cioè compresa tra il 1200 e il 1400. La parete interna e quella di fondo verso il torrione dell'Annunziata sono scavate nella roccia su cui e intorno a cui è stato costruito il castello.

La galleria comunica lateralmente con un grande ambiente con volta a botte, dove è possibile vedere la superficie esterna del muro di Crispano, le cui cannoniere, un tempo al livello del mare, sono ora semisommerse da acqua di falda.

Entrati nel torrione dell'Annunziata al 1° livello, si accede alla Casamatta semisferica, originariamente una cisterna, come provato dal continuo flusso d'acqua, tuttora esistente. La costruzione è così accurata da determinare l'amplificazione della voce di chi parla al centro del locale. Salendo la scala, ricavata all'interno del muro perimetrale spesso oltre 7 metri, si arriva ad una seconda casamatta molto simile alla prima, originariamente forse adibita a deposito polvere da sparo.

Salendo ancora si raggiunge il piano degli archibugieri ove si possono vedere le sistemazioni difensive costituite da quattro centri di fuoco, ognuno con quattro postazioni di tiro. Un'ultima rampa di scale porta al piano delle cannoniere, riempito di terra probabilmente a fine XVI secolo per posizionare i cannoni sulla soprastante piazzola e svuotato nel 1930.

Saliti sul piano delle piattaforme, è possibile vedere la cupola della cappella, le postazioni per le artiglierie e, in successione, le piazzole sommitali degli altri tre torrioni, costruite dagli Spagnoli; terminato il giro delle piattaforme, si scende lungo la rampa di levante e si entra in un piccolo cortile dove si affacciano numerose cale adibite a celle nel XVIII e XIX secolo. Attraverso la cala dello spigolo di nord est si accede nel corridoio o camminamento di Crispano. Scoperto nel novembre 2003 e restaurato nell'estate 2004, era utilizzato quale centro di fuoco per archibugieri. Sei feritoie sul lato di levante consentivano di sparare contro l'argine e la base del fossato mentre numerosi sfiatatoi servivano all'eliminazione dei fumi prodotti dalle armi da fuoco; le feritoie sono inclinate per permettere il tiro di infilata e per rendere più difficile al nemico di colpire i tiratori posti dietro le feritoie.

Due feritoie, orientate verso l'interno del castello, dimostrano che il muro di Crispano fu costruito quale opera a sé stante, e che solo successivamente fu costruito l'altro muro tra il torrione di S. Angelo e la cortina settentrionale del castello formando una specie di triangolo. Nel corridoio di Crispano sono anche visibili due caditoie, usate per gettare pietre sugli assalitori: una davanti all'ingresso, l'altra passante sotto il corridoio. Lasciato il corridoio di Crispano si scende lungo la rampa sino al cortile e si entra nei locali adibiti un tempo probabilmente a caserma; il restauro del più grande, tuttora in corso, ha evidenziato che qui erano ubicate le antiche cucine come attestato dai focolari e dai reperti fittili scoperti dietro le murature novecentesche.

Dalle cucine si scende nella galleria Settentrionale, un locale lungo oltre 40 metri con volta ogivale collocato sopra la galleria Svevo-Angioina; il restauro, effettuato da operai di Maridipart Taranto nel 2005, ne ha evidenziato la funzione difensiva testimoniata da 10 feritoie sul lato settentrionale e le particolarità della parete meridionale, caratterizzata da ampi tratti di roccia e da due archi di scarico costruiti su supporti di terra per scavalcare le lacune del banco di Carparo.

Il piano di calpestio originario è stato rinvenuto oltre un metro sotto il pavimento moderno e fra le due superfici sono stati trovati numerosissimi reperti fittili per lo più del XVI, XVII e XVIII secolo. Altri reperti molto più antichi, per lo più di epoca greca, sono stati rinvenuti nella terra sottostante gli archi di scarico, tra cui un “Ostrakon” recante un' incisione in greco primitivo che richiama al culto spartano di Artemide Ortia. Verso il torrione dell'Annunziata è stata portata alla luce un'antica cava di carparo che, in base ai reperti ritrovati, sembra risalire al periodo greco mentre all'estremità opposta si apre un vestibolo con volta a botte che mette in comunicazione con il torrione di S. Lorenzo tramite un cunicolo riaperto nel 2004 e con il corridoio di levante tramite una scala in cemento.

Il pavimento originario di questo corridoio è stato trovato circa due metri più in basso dell'attuale rimuovendo un lungo tratto di riempimento di terra; in questo modo è stato anche reso visibile il collegamento tra il torrione di S. Lorenzo e la galleria settentrionale. Proseguendo ancora si entra nel corridoio di S. Lorenzo, scoperto nel novembre 2003 e restaurato nel 2004 da un operaio del Maridipart Taranto.

Il corridoio attraversa longitudinalmente il muro di Crispano ed offre una visione molto suggestiva del torrione di S. Lorenzo la cui costruzione appare essere stata interrotta subito sopra i beccatelli. Anche il corridoio di S. Lorenzo era pieno di pietre e di terra; la rimozione di questo materiale nell'inverno 2004 ha consentito di scoprire un pozzo ove sono stati trovati frammenti di ceramica del XVI e del XVII secolo, raccolti in un locale del castello in attesa di classificazione precisa.

Nel corridoio sono visibili 4 feritoie verso il canale, due feritoie verso l'interno del castello e due sfiatatoi. Dallo sfiatatoio sopra il pozzo si è inerpicato nel novembre 2003 personale del Dipartimento scoprendo sopra il corridoio di S. Lorenzo il corridoio di Crispano già descritto in precedenza. Usciti dal corridoio si attraversa il piazzale e la galleria Meridionale, una lunga sala a volta semicircolare restaurata nel 2001/2002, per entrare nel torrione della Bandiera al livello del piano degli Archibugieri.

Lungo ripide rampe di scale si scende nella casamatta ubicata alla base del torrione; parzialmente scavata nel carparo, questa casamatta presenta una marcata differenza tra le pareti, di fattura piuttosto primitiva, e la volta a botte costruita con precisione tipicamente aragonese. E' ipotizzabile che le pareti siano ciò che resta di una delle quattro torri medioevali che fronteggiavano la città; tale costruzione può essere stata incorporata dagli architetti aragonesi nel nuovo torrione rotondo coprendo l'ambiente con una volta per conferire maggiore robustezza alla struttura e per costituire il piano di calpestio del livello superiore.

La finalità di questa descrizione del castello è stata quella di illustrare a grandi linee la complessità del suo impianto generale, l'estrema diversità degli ambienti originari, nonché la complessa varietà delle sistemazioni difensive. L'attività di restauro della fortificazione è testimonianza dell'estremo interesse storico ed architettonico dell'intero complesso che costituisce di fatto il più importante impianto rinascimentale della città di Taranto.