Il Regio Decreto n° 114 del 16 aprile 1893 eleva il Comando locale marittimo di Taranto a Comando autonomo con la denominazione di Comando Militare Marittimo di Taranto che è alle dirette dipendenze del Ministero della Marina. Lo schema di Regio decreto del 22 novembre 1902 che eleva il Comando Militare Marittimo di Taranto a Comando in Capo del Dipartimento Marittimo di Taranto diventa esecutivo con il Regio Decreto del 5 febbraio 1911 n. 124.

Con il Regio Decreto del 4 gennaio 1923 n.189, viene soppresso il R.D. n.124 e contestualmente, con lo stesso decreto, viene istituito il Comando in Capo del Dipartimento Marittimo dello Jonio e Basso Adriatico con sede a Taranto. L’11 ottobre 1925 assume la nuova denominazione di Comando in Capo del Dipartimento Marittimo dello Jonio e dell’Adriatico (Marina Taranto).

Con decorrenza dal 30 agosto 1945 il Comando militare marittimo di Taranto viene soppresso ed il Comando in Capo del Dipartimento Marittimo dello Jonio e Basso Adriatico assume la denominazione di Comando in Capo del Dipartimento Marittimo dello Jonio e Basso Adriatico e della Piazza marittima di Taranto (Foglio Ordini Ministeriali n. 61 del 18 ottobre 1945).

Le attribuzioni di Maridipart Taranto sono quelle di provvedere alla difesa, all’organizzazione territoriale e costiera, a quella dei porti, del dragaggio, della marina mercantile, del traffico costiero, alla vigilanza aerea sul nemico, varie. Maridipart Taranto pur dipendendo operativamente da Supermarina, esplica a sua volta nella zona di giurisdizione un’azione diretta di comando sui mezzi navali ed aerei loro assegnati.

Tra le attribuzioni previste c’è quella di provvedere alla vigilanza aerea e costiera, di fornire informazioni sui movimenti del nemico e delle unità nazionali, di occuparsi della difesa del traffico marittimo, di partecipare alle operazioni particolari disposte da Supermarina e alle azioni difensive e controffensive nelle acque giurisdizionali. Essi inoltre mantengono relazioni dirette con i Comandi di forze navali per quanto concerne l’appoggio che i reparti navali devono avere dalle basi; con il Comando difesa traffico (Maricotraf) per ciò che attiene alla difesa del traffico e con i Comandi delle grandi unità aeree operanti nella sua zona relativamente alle richieste d’intervento di reparti aerei avanzate da forze navali in mare (e allo scambio di informazioni riguardanti il traffico marittimo ed aereo).

Nel 1943 gli sbarchi anglo-americani nel territorio della madrepatria influiscono su una riforma la cui attuazione, per il precipitare degli eventi, non ha tuttavia completa attuazione.

In base alla circolare di Maristat - Reparto mobilitazione, difese e servizi - Ufficio basi e difesa contraerea e antinave del 28 agosto 1943 si modificano le attribuzioni fino ad allora demandate alla Marina riguardo alla difesa costiera, inserendo la difesa del territorio fino ad allora affidata alle Piazze Militari marittime nell’organizzazione difensiva dell’Esercito, trasferendone a questo la responsabilità. Ridimensionati così i compiti della Marina nella difesa costiera, si aboliscono le Piazze marittime di La Spezia, La Maddalena, Taranto, Brindisi, Venezia e Pola, creando nel contempo al loro posto delle basi navali in cui vengono istituiti, dove già non esistano, dei Comandi militari marittimi. (Rif. Archivio U.S.M.M.).