Giovan Battista Magnaghi nacque a Lomello, in provincia di Pavia, il 21 marzo 1839, da una famiglia di proprietari terrieri. Trasferitosi  a Genova ancora bambino, scoprì il mare e nel 1851, a soli 12 anni, entrò nella Scuola di Marina di Genova. A presentarlo fu un amico di famiglia alquanto importante: il Conte di Cavour.
Ne uscì nel 1855 con il grado di guardiamarina e partecipò all'assedio di Gaeta (1860) e alla battaglia di Lissa (1866), meritandosi la Croce dell'Ordine Militare di Savoia.
In quel periodo, il Ministero della Marina stava lavorando alla creazione di un servizio idrografico, sul modello di quelli già esistenti presso altre nazioni europee.
Si sentiva infatti la necessità di approfondire ed aggiornare la conoscenza idrografica dei mari italiani. Fino ad allora, infatti, la copertura del Mediterraneo era stata assicurata prevalentemente dal Servizio idrografico francese e dalla Marina britannica.
Ricevuto il compito di progettare il nuovo servizio idrografico nazionale, il giovane Magnaghi  si recò presso alcuni istituti europei per analizzare la loro organizzazione e strumentazione.
Nel 1872 venne istituito l'Ufficio Idrografico della Regia Marina nel Forte San Giorgio di Genova, e la sua direzione venne affidata al Capitano di Fregata di II classe Magnaghi, il quale si dedicò con passione allo sviluppo dell'ente e delle scienze nautiche e allo studio e al perfezionamento degli strumenti nautici.
Fra gli strumenti perfezionati da Magnaghi i più importanti sono la bussola a liquido, il circolo Amici e il correntometro, fondamentale sia per l’idrografia sia per l’oceanografia. Magnaghi realizzò inoltre una bottiglia a presa d'acqua per il prelievo di campioni a grande profondità e ideò un'armatura per i termometri a rovesciamento. L'esercizio dell'idrografia sul campo gli suggerì rilevanti modifiche a molti strumenti idrografici, quali per esempio lo scandaglio per piccole profondità e perfezionò lo scandaglio Thomson, per profondità maggiori.
Magnaghi pubblicò inoltre un trattato fondamentale sugli strumenti a riflessione, le tavole degli azimut del sole e le tavole e formule nautiche, strumento indispensabile per l'uomo di mare.
Dal 1878 diresse ininterrottamente i lavori di ben undici campagne idrografiche che, tradotti in più di 100 fra carte e piani di porti e 130 vedute di costa, costituirono la rappresentazione di circa tre quarti del litorale nazionale.

Organizzò inoltre corsi di specializzazione per ufficiali idrografi e creò una scuola di disegnatori e incisori.

Morì il 21 giugno 1902.