Nel 1989 fu approvata la Legge N. 36, che consentiva alla Marina di dotarsi della componente aerotattica multiruolo da imbarcare sulla Portaerei Garibaldi. Il 1° febbraio 1991 venne costituito il Gruppo Supporto Aerei Imbarcati (GRUPAER) che acquisì successivamente un totale di 16 velivoli da combattimento radarizzati (AV8B PLUS), capaci di svolgere missioni di difesa aerea, di attacco al suolo e di ricognizione.

Il 2 maggio 1994, presso la base di Grottaglie, fu costituito il Nucleo Lotta Anfibia (N.L.A.), la cui peculiarità era la specializzazione nel fornire supporto al Reggimento San Marco.

Eventi, quelli citati, che hanno caratterizzato la storia recente dell’Aviazione Navale.

I nuovi orizzonti successivamente apertisi sia nel settore elicotteristico che nell’ala fissa portarono, alle soglie del nuovo secolo, ad una significativa riorganizzazione dell’Aviazione Navale con la costituzione, il 1° gennaio 2000, del Comando Forze Aeree (COMFORAER), che il 10 giugno 2005 ricevette la Bandiera di Guerra, con lo scopo prioritario di razionalizzare l’impiego operativo delle risorse disponibili (personale, materiali e mezzi).

ll 19 marzo 2001 la Marina acquisì il primo EH-101, nuovo elicottero multi ruolo sviluppato grazie ad una “joint venture” tra l’Agusta e la Westland e sicuramente il più avanzato e moderno disponibile sul mercato. Destinato a prendere il posto degli ormai vetusti SH-3D, che cominciarono ad essere progressivamente dismessi, il nuovo mezzo ad ala rotante era disponibile nelle varianti Maritime Patrol Helicopter (MPH) (per operazioni di sorveglianza e contrasto alle Unità di superficie e subacquee), Helicopter Early Warning (HEW) (per operazioni di sorveglianza aerea e di superficie a grande distanza e di supporto alla componente aerotattica imbarcata) ed Assault Support Helicopter (ASH) (per il trasporto di truppe, mezzi e materiali, nonché per evacuazione sanitaria).
Iniziò quindi la fase di valutazione operativa dei nuovi elicotteri EH-101, assegnati al 1° Gruppo Elicotteri, nonché l’attività di addestramento dei relativi equipaggi. A causa della delicatezza e delle problematiche connesse all’entrata in servizio di una macchina digitale, molto più complessa e sofisticata delle precedenti, lo Stato Maggiore Marina maturò la decisione di creare un Gruppo di Lavoro EH-101, a cui affidare il compito di valutare le prestazioni e le capacità del nuovo elicottero, con l’obbiettivo di elaborare proposte di modifica alle pertinenti strutture operative a terra e a bordo, alla dottrina d’impiego, all’organizzazione operativa e logistica ed alle procedure di addestramento.

Sulla scia dei successi conseguiti dal suddetto Gruppo di lavoro, l’1 gennaio 2006 fu costituito, sempre presso Maristaeli Luni, il Centro Sperimentale Aeromarittimo (C.S.A.). Tale Centro posto alle dirette dipendenze del 2° Ufficio “Studi e Nuovi Programmi” del 6° Reparto Aeromobili rappresenta uno strumento essenziale per la Marina, svolgendo un ruolo importantissimo nello sviluppo dei nuovi programmi ed in tutte le attività di studio, valutazione operativa, sperimentazione e modifica degli elicotteri, con particolare riferimento agli aspetti inerenti allo specifico ambiente marittimo ed all’impiego a bordo delle Unità Navali.

Per quanto concerne l’ala fissa, il 4 ottobre 2001 fu consegnato il primo di due Piaggio P-180, ottenuto in prestito dall’AM, che fu rischierato a Pratica di Mare, dove venne creata una Sezione Aerea dedicata (SEZAER). A partire dal 2004 furono consegnati i tre velivoli destinati alla Marina per soddisfare le esigenze di supporto alle attività sperimentali e di verifica dei sistemi delle unità navali, di mobilità della Forza Armata e, grazie alla disponibilità del sistema FLIR (Forward Looking Infra-Red) e di un kit per l’evacuazione medica (MEDEVAC), svolgere missioni di pattugliamento marittimo e di trasporto medico.

Dopo la costituzione di COMFORAER, nell’ottica di conseguire una più spinta razionalizzazione delle Componenti Aeree imbarcate e rispondere in modo sempre più appropriato a nuove e crescenti esigenze opertative, fu adottato il concetto di impiego degli aeromobili secondo i moduli delle Sezioni Elicotteri/Aerei, con l’obbiettivo di ottimizzare l’addestramento e la standardizzazione degli equipaggi, innalzare la disponibilità e l’efficacia operativa degli aeromobili e migliorare ulteriormente l’impiego delle risorse umane e materiali, elevando la prontezza al combattimento e la sicurezza del volo. Con la rinnovata organizzazione è COMFORAER che, in risposta alle esigenze delle Unità Navali e dei Teatri Operativi, costituisce le Sezioni Elicotteri/Aerei da impiegare selezionando accuratamente il personale nonché il numero, la tipologia e la configurazione degli aeromobili.

Altra pietra miliare dell’Aviazione Navale è stata l’entrata in linea, il 27 marzo 2008, della Portaerei Cavour, ora Nave Ammiraglia della Marina, concepita in modo da assicurarne la massima flessibilità di impiego, potendo fungere anche da Quartier Generale avanzato per Comandi Complessi Operativi, da unità per Operazioni Anfibie, da nave ospedale e da unità per gli interventi umanitari di grande scala. La sua versatilità è data anche dalle molteplici configurazioni che può assumere il suo principale sistema d’arma, costituito da un insieme di aerei ed elicotteri dalle capacità multiruolo. Ad esempio, nel caso della missione umanitaria “White Crane” (2010), dal Cavour hanno operato principalmente elicotteri pesanti EH-101 ed SH-3D, configurati in modo ottimale per massimizzare le capacità di trasporto logistico e di assistenza medica. In altre occasioni, laddove il focus delle missioni di volo sia l'attacco al suolo, prevale la componente ad ala fissa (AV 8B). Nel complesso il Cavour, disponendo di un ponte di volo con 7 spot impiegabili simultaneamente, con aree di parcheggio per altri otto aeromobili, grazie ad una superficie netta di 6.800 metri quadri, ha la capacità di imbarcare una ventina di aeromobili, fra elicotteri (EH-101, AB-212 e SH-90A) ed aerei (AV-8B Plus ed in futuro anche i nuovi JSF), secondo una configurazione mista che viene attentamente calibrata in modo da ottenere il miglior compromesso operativo ai fini dell’ottimale svolgimento della missione assegnata alla Portaerei.

L’ultima novità in fatto di nuovi aeromobili riguarda l’ingresso in servizio dell’SH-90, elicottero multiruolo in grado di svolgere missioni d’individuazione e neutralizzazione di obiettivi subacquei e di superficie, operazioni di assalto marittimo e di trasporto truppe, mezzi e materiali, nonché di evacuazione sanitaria . La linea SH-90, in fase di acquisizione, prevede 56 elicotteri  (di cui 46 nella versione da pattugliamento marittimo  -MPH e 10 nella versione da assalto marittimo –ASH) ed è destinata a sostituire progressivamente e completamente la linea AB212.

Sia la configurazione ASH che la configurazione MPH hanno anche caratteristiche ognitempo e potranno operare da bordo di piccole Unità, anche di notte e in condizioni meteo-marine particolarmente avverse. L'elicottero nella configurazione MPH, quando in operazione dalle Fregate di nuova costruzione, ha la possibilità di essere assicurato sul ponte di volo senza l’impiego delle classiche catene, utilizzando un sofisticato sistema di ancoraggio automatico denominato deck-lock, che utilizza un arpione posto sull’elicottero ed una griglia posta sul ponte di volo in cui quest’ultimo si innesta. Anche la movimentazione dell’elicottero in hangar e sul ponte può essere effettuata in modo automatico, senza impiego di personale ed anche in situazioni di elevato sbandamento della piattaforma, grazie ad un carrello scorrevole su rotaie al quale viene vincolato l’elicottero.