L'istituzione del corpo Sanitario della Marina Militare risale al 1° aprile 1861, allorché Cavour, che era anche Ministro della Marina, presentò a sua Maestà il Re un regolamento che desse un ordinamento unitario ai corpi sanitari dell'ex flotta sarda, napoletana e del Granducato di Toscana.
Il primo Capo del Corpo Sanitario della Marina fu l'Ispettore Luigi Verde che diede vita alla prima nave Ospedale la Washington e trovò la morte nell'affondamento della "Re d'Italia" nella sfortunata battaglia di Lissa del 1866. In tale battaglia il corpo Sanitario si distinse per l'ottima organizzazione, per l'impegno qualificato e per l'eroismo dimostrato.
L'ispettore Carlo Mari, che succedette al Verde, dovette affrontare il problema della riorganizzazione del Corpo con la creazione della nuova rete ospedaliera; nel 1867 fu istituito l'Ospedale di Marina Sant'Anna a Venezia e nello stesso anno quello di Piedigrotta a Napoli ed infine nel 1874 l'Ospedale Principale di La Spezia.
La prima attività navale della Marina Militare di protezione civile fu quella compiuta dal piroscafo Campania, inviato insieme alla prima divisione navale, che venne utilizzata come nave Ospedale per il soccorso a popolazioni sinistrate nel terremoto del 28 dicembre 1908 che aveva distrutto le città di Messina e Reggio Calabria.

Con il Regio Decreto del 7 settembre 1910 fu istituita la Scuola di Sanità Militare Marittima che, affiancata da un Ufficio Tecnico, doveva impartire l'istruzione complementare per partecipare ai concorsi per la nomina a tenente medico in servizio permanente e a quella per sostenere l'esame di avanzamento a capitano; tale istruzione complementare costituiva la condizione indispensabile per l'abilitazione alle destinazioni d'imbarco.

Con il contemporaneo accrescimento dell'importanza della base navale di Taranto, nel 1913 furono completati i lavori di costruzione dell'Ospedale Principale di Taranto, 26 edifici, tra cui 8 padiglioni di cura principali con circa 400 posti letto. Ebbe un ruolo importantissimo durante il primo e secondo conflitto mondiale. Nel corso della prima guerra mondiale il servizio sanitario della Marina svolse la sua azione a favore degli equipaggi delle navi e del personale distaccato sul fronte terrestre dividendo con gli altri corpi i sacrifici, i disagi e i pericoli. Un servizio che riuscì di grandissima utilità e onorò la Marina, fu quello dell'assistenza fornita dalle sue nove navi ospedale.

La seconda guerra mondiale chiamò il corpo sanitario a ben più ardue prove: grazie all'imponente squadra di navi ospedale, comprendente 18 unità, effettuò ben 596 missioni, 115 uscite per soccorso a naufraghi, 250.000 feriti e infermi ospedalizzati e rimpatriati. Le navi ospedale non furono risparmiate dagli attacchi del nemico, infatti delle 18 unità 12 affondarono. Nel dopoguerra presso gli ospedali principali della Marina nascevano i centri e gli osservatori per le malattie sessualmente trasmesse.

Dagli anni settanta in poi l'attività della Marina è stata caratterizzata dalle missioni di Peace Keeping, Peace Enfocing e dalle missioni a carattere umanitario dove l'opera dell'ufficiale medico assume carattere centrale, ecco qui elencate alcune di esse: missione umanitaria in Vietnam nel 1979; missione di pace in Sinai dall'aprile 1982; La missione in Golfo Persico; dal 1992 al 1995 numerose missioni di pacificazione in Somalia; terremoto in Turchia nell'agosto 1999; Timor Est; Enduring Freedom e Iraqi Freedom.