Subito dopo la proclamazione del Regno d'Italia (17 marzo 1861), l'allora Ministro della Marina Cavour, costituendo la Regia Marina, istituì, potenziando il già esistente "Corpo degli Ingegneri Costruttori Navali della Real Marina", il corpo del Genio Navale, con "compiti di studio e progettazione di macchine e scafi" (R.D. 1 Aprile 1861; il corpo assunse lo status militare con R.D. 9 dicembre 1866, n°3486). La condotta delle macchine veniva affidata ad un "Corpo di Ufficiali Macchinisti", provenienti dai sottufficiali, iscritti in un ruolo aggregato al corpo di Stato Maggiore. La funzione di raddobbo e riparazione degli scafi e apparati motori veniva invece affidata agli "Ufficiali di Arsenale", inquadrati in un ruolo a parte, anch'esso aggregato al corpo di Stato Maggiore.
Si ebbero poi alcuni "aggiustamenti". Con l' "Ordinamento B. Brin" (legge 3 dicembre 1878, n° 4610), al corpo del Genio Navale venne aggregato, con ruolo a parte, il corpo dei Macchinisti, mentre gli Ufficiali di Arsenale vennero trasferiti in un "Corpo civile tecnico". Nel 1913 (Ordinamento "Cattolica"), venne ripristinata la situazione organica prevista dal Cavour, aggregando nuovamente gli Ufficiali Macchinisti al corpo di Stato Maggiore. Nel 1924 (Ordinamento "Tahon di Revel"), gli Ufficiali Macchinisti vennero staccati dallo Stato Maggiore e costituirono il "Corpo degli Ufficiali per la Direzione di Macchine". Nel 1926, infine, (Ordinamento "Mussolini" - legge 8 luglio 1926 n° 1178), il corpo degli Ufficiali per la Direzione di Macchine venne sciolto e, previa l'acquisizione della laurea in ingegneria navale e meccanica, venne fuso nel corpo del Genio Navale, il quale accentrò, pertanto, le funzioni di progetto e di condotta degli apparati motori e ausiliari a bordo delle navi. Tale ultimo ordinamento, con le opportune e necessarie varianti che hanno tenuto conto dei cambi organizzativi della Marina, è tuttora in vigore e fissa, all'art. 27, i compiti assegnati al Corpo.
A titolo di curiosità, sin dal 1861 l'unica differenza esistente tra le uniformi degli ufficiali dei vari corpi della Marina è il colore della stoffa sotto i gradi: per il Genio Navale la stoffa è sempre stata il velluto color cremisi. Non esisteva, inizialmente, il "giro di bitta": quando comparve, nel 1878, servì per distinguere gli ufficiali di Vascello. Solo nel 1939 l'uso venne esteso a tutti i Corpi. Nel 1973 (legge 16 aprile 1973, n° 174) avvenne l'unificazione della denominazione dei gradi di tutti i corpi della Marina, con l'eccezione, per i Corpi Tecnici, dei due gradi apicali di Ammiraglio Ispettore e Ammiraglio Ispettore Capo. Dal 1999 (FOM n° 41 del 7 ottobre 1998), è stata unificata unificata, per gli ufficiali ammiragli, la foggia dei gradi ed è stato abolito, sotto di essi, il colore distintivo del corpo di appartenenza.
La storia di oltre un secolo di vita e di attività è piena di avvenimenti significativi che dimostrano l'insostituibile ruolo che il corpo del Genio Navale ha avuto e continua ad avere nel contesto socio politico della Nazione e nella Marina.
Basti pensare che fu proprio un ufficiale del Genio Navale, il generale ispettore Benedetto Brin, che seppe condurre il rinnovamento morale e materiale di una Marina ancora scossa dagli eventi di Lissa, individuando la linea d'azione strategica per il riconoscimento, a livello internazionale, degli interessi dell'Italia in un bacino mediterraneo di accresciuta importanza a seguito dell'apertura del canale di Suez. Tra il 1876 ed il 1898 Bernedetto Brin ricoprì per ben cinque volte l'incarico di Ministro della Marina e fu Ministro degli Esteri tra il 1892 ed il 1893.
A questo formidabile personaggio va attribuito il merito di aver voluto che l'Accademia Navale divenisse l'Istituto di formazione unico per gli ufficiali della Marina, facendo sì che, nel 1913, il primitivo ordinamento venisse ampliato per la formazione del corso normale per ufficiali Macchinisti e quindi, dopo la "fusione" del 1926, per gli ufficiali del Genio Navale.
Ripercorrendo la lunga storia del corpo, va rilevata l'importanza che questo ebbe nello sviluppo sociale, industriale e tecnologico del Paese, con la realizzazione di basi navali e arsenali (basti ricordare l'opera dell'allora maggiore del Genio Navale Domenico Chiodo nello sviluppo della città di La Spezia), l'ideazione e la progettazione di navi da guerra di varie categorie e dimensioni, ovunque apprezzate (già nel 1890, la flotta della Marina Militare Italiana era la terza del mondo e il capitano di vascello John Fisher, comandante della più potente corazzata inglese, deplorava, in una lettera ai superiori, che i 12,5 nodi della sua unità fossero largamente inferiori ai 15,5 nodi che l'italiana Dandolo , concepita da Brin, poteva tenere a lungo in navigazione), con un fiorire di idee e progetti che hanno favorito innovazioni rivoluzionarie nel settore delle costruzioni navali militari, nella dottrina navale e nel concetto stesso di potere marittimo (costruzione della vasca navale di La Spezia, progetto delle corazzate monocalibro e delle prime unità subacquee, invenzione dello snorkel, prime esperienze in campo aeronautico, ecc.).
L'Accademia Navale, salvo rarissime eccezioni, è stata ed è l'unica fonte di alimentazione degli ufficiali del Genio Navale.
