La nave prende il nome dalla città di Milazzo, distesa sulla penisola che si protende sul mare fino al promontorio che porta il suo stesso nome e costituisce la via naturale per le isole Eolie.

I riferimenti storici fissano la fondazione della città ad opera dei greci nel 716 a.C., ovvero nell'epoca della prima colonizzazione della Sicilia. Anticamente chiamata "Aurea Chersoneso", ovvero penisola aurea ove si riteneva che soggiornassero gli dei dell’Olimpo, la "penisola del Sole" costituiva un punto d'approdo per raggiungere le "settesorelle", le magiche isole dove, con Eolo, dio del vento, abitavano ninfe e satiri.

La città conobbe quindi la dominazione dei romani che nel 260 a.C., nelle acque antistanti la città, sconfissero i cartaginesi nella prima guerra punica. Sotto la dominazione bizantina, Milazzo fu tra le prime sedi vescovili della Sicilia. Venne poi espugnata dagli arabi che la fortificarono, costruendo il famoso castello (X sec. d.C.) nel luogo che era stato acropoli ai tempi dei greci e ne fecero importante centro commerciale ed agricolo.

Occupata da Corradino di Svevia durante la guerra del Vespro, fu prima espugnata da Carlo d'Angiò, liberata da Pietro d'Aragona e quindi riconquistata da Roberto d'Angiò. Gli Austro-piemontesi la difesero dagli Spagnoli, gli Inglesi dalle guerre Napoleoniche. Nel luglio del 1860 il castello fu assediato e poi occupato dai garibaldini vittoriosi nella battaglia campale che permise al condottiero dei Mille la conquista del napoletano e l’unificazione del meridione al nuovo Regno d'Italia.

Originario di Milazzo è l’eroe italiano Luigi Rizzo che il 10 Giugno 1918, al largo dell'Isola di Premuda, con i MAS 15 e 21 attaccò una formazione navale Austriaca ed affondò la Corazzata Santo Stefano, impresa che gli valse una medaglia d’oro al valore militare.

Il Crest di Nave Milazzo ha forma esterna rettangolare con nastro di divisione trasversale sul quale è trascritto il nome "MHC MILAZZO" dal margine sinistro alto al margine destro basso. Nella zona superiore, come tema ricorrente di tutti i Crest che rappresentano le Unità cacciamine, è riportato lo stemma della città di Milazzo raffigurante un’Aquila, simbolo dell'Impero romano, riconosciuto alla città di Milazzo dallo stesso Ottaviano che, divenuto imperatore, in ricordo della sua vittoriosa battaglia contro Sesto Pompeo, la fregiò dell'emblema imperiale e la elesse "citta' censoria". Nella zona inferiore del Crest è raffigurata la parte prodiera dell'Unità con, in evidenza, il distintivo ottico. Il logo è sormontato dalla corona turrita e rostrata che richiama l'origine della marineria di Roma a testimonianza dell'onore e del valore che il Senato romano conferiva ai duci di imprese navali, conquistatori di terre e città d'oltremare.