Il Capo di Stato Maggiore della Marina è il vertice dell’organizzazione.

La struttura organizzativa della Marina Militare si basa su tre pilastri: operativo, formativo e logistico

Alle dirette dipendenze del Capo di Stato Maggiore della Marina troviamo, inoltre, l'Istituto idrografico della Marina e il Corpo delle Capitanerie di Porto.