​La formazione è una delle principali attività dell'Istituto Idrografico della Marina (IIM) sin dalle origini, per la necessità di preparare non soltanto gli ufficiali e i sottufficiali idrografi della Marina Militare, ma anche il resto del personale, compreso quello civile, a svolgere le mansioni specialistiche affidategli, con particolare riferimento alla raccolta e all'elaborazione dei dati necessari per ricavarne le informazioni da trasferire nella cartografia e nella documentazione nautica ufficiale di supporto. L'offerta formativa dell'IIM comprende un Master di 2° livello in Hydrography & Oceanography, svolto in collaborazione con l'Università di Genova, riconosciuto dall'International Board for Standard of Competence del FIG-ICA-IHO e necessario per diventare idrografo di Categoria A, e un corso di specializzazione in idrografia di Categoria B attivo presso l'IIM stesso, entrambi aperti al personale sia militare che civile, italiano e straniero, e utili per l'abilitazione dei futuri idrografi e oceanografi.

Il personale dell’IIM è spesso chiamato a tenere corsi anche in altri enti di formazione, tra i quali l’Accademia della Marina Mercantile e l’Accademia della Guardia di Finanza di Bergamo.


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