La Direzione di Amministrazione M.M. di Taranto è stata costituita alle dipendenze di Maridipart Taranto con Legge 20 febbraio 1981, nr. 30 e ha iniziato ad operare dal 01 gennaio 1982, giusta D.M. in data 10.07.1981, dividendo le competenze territoriali con la analoga Direzione di Amministrazione di La Spezia, successivamente costituita. Tale provvedimento ha consentito di dare piena applicazione a quanto previsto dal “Regolamento per l'Amministrazione e la Contabilità degli organismi dell'Esercito, della Marina e dell'Aeronautica" (R.A.U.) approvato con D.P.R. nr. 1076 del 05 giugno 1976 e il “Regolamento per gli Stabilimenti e Arsenali Militari a carattere industriale" (R.A.S.) approvato con D.P.R. nr. 1077 del 05 giugno 1976.

Le due Direzioni, conservando anche le competenze delle preesistenti Ragionerie Dipartimentali, si erano configurate quali organismi non classificati ai sensi del R.A.U. e dipendenti gerarchicamente dai rispettivi Maridipart nelle linea di comando e da Segredifesa 2° Reparto, che ne coordinava funzionalmente le attività.

Con l'entrata in vigore del Codice dell'Ordinamento Militare (D.Lgs. 15 marzo 2010, nr. 66) e del discendente Testo Unico delle disposizioni regolamentari in materia di Ordinamento Militare (D.P.R. 15 marzo 2010, nr. 90) le norme di cui sopra sono state abrogate e con O.d.G. del Capo di Stato Maggiore della Marina nr. 33 in data 23 novembre 2010 (pubblicato sul F.O.M. nr. 50 del 15.12.2010) è stata istituita, a decorrere dal 01 gennaio 2011, la Direzione di Amministrazione (unica) della Marina Militare con sede in Taranto, posta alle dipendenze dell'Ufficio Generale del Centro di Responsabilità Amministrativa della Marina Militare.

La Direzione di Amministrazione M.M., così come attualmente concepita, è stata riordinata con odg n° 58 del Ca.S.M.M. in data 18 maggio 2022. Per l'assolvimento dei propri compiti e funzioni, la Direzione si avvale delle dipendenti Sezioni con sede a Taranto e La Spezia.

La Direzione si articola in Uffici Direzionali (la sezione informatica gestionale di Taranto, quella di La Spezia e la sezione studio e interpretazione della normativa), e 2 Sezioni composte ciascuna di 3 Reparti. Di questi solo il primo reparto si differenzia nelle due sezioni, infatti, mentre in quella di Taranto è il Centro Unico Stipendiale, in quella della Spezia è il Centro Unico Pensionistico.

Gli altri due reparti sono identici e si occupano il secondo di revisione contabilità materiali e viveri, il terzo di controlli ed Ispezioni.