La Marina Militare ha, da tempo immemore, uno strettissimo legame con la città di Napoli.

Già in epoca borbonica l'allora Real Marina aveva nella città partenopea il suo fulcro, con il Comando della flotta, un grandissimo Arsenale navale (il cui primo nucleo risale addirittura al 1577) dotato anche di un Bacino da Raddobbo (primo del suo genere a essere realizzato nella penisola italica), una fabbrica di cannoni, un cantiere navale, una Darsena (inaugurata nel lontano 1666), un Porto Militare e un corollario di strutture tecniche (alcune delle quali all'avanguardia in campo nazionale) per la manutenzione dei navigli.

Nei primi decenni successivi all'Unità d'Italia, quella che a quei tempi si chiamava Regia Marina continuò ad avere uno stretto rapporto con la città che divenne sede di uno dei tre Dipartimenti in cui fu suddivisa la neo nata Nazione.

Poi, la nascita delle Basi Navali di Taranto e La Spezia fecero diminuire l'importanza strategica e operativa della struttura partenopea che, comunque, continuò a operare la Marina Militare e per il Paese.

Durante i primi anni del ventennio fascista si registrò la smilitarizzazione di un'ampia fetta delle pertinenze della Marina che, tra il 1923 e il 1927, cedette le aree che attualmente sono occupate dalla Via Acton, dal molo Beverello e dai giardini del Molosiglio. Nonostante questa forte contrazione, la Base Navale di Napoli e il Comando in Capo del Dipartimento Militare Marittimo del Basso Tirreno assunsero una notevole importanza soprattutto in previsione dell'imminente conflitto mondiale.

A Napoli fu istituito l'ente che sovrintendeva all'organizzazione dei collegamenti militari per trasportare uomini, mezzi e rifornimenti in Africa settentrionale e dal porto partenopeo salparono svariate decine di navi mercantili militarizzate per effettuare quei trasferimenti.

Al molo San Vincenzo (il cui primo tratto era stato realizzato nel periodo 1840-1845) fu impiantata una base sommergibili con alloggi per gli equipaggi, officine specialistiche e capienti depositi di pezzi di rispetto. Sempre sul citato molo, alla testata, furono impiantate due grosse antenne, alte oltre 40 metri, che consentivano le comunicazioni via radio con gran parte del Bacino del Mediterraneo centro-occidentale.

In quegli anni furono anche realizzati il Deposito Munizioni di Montagna Spaccata (Pozzuoli) e i depositi materiali di Miliscola.

Infine, a Miseno, in gran segreto fu istituita la prima base operativa degli Arditi Incursori che durante il conflitto riscossero enormi successi.

Con la fine della guerra, la neo nata Marina Militare fu sin da subito impegnata in una grande operazione di bonifica per liberare i porti e le coste campane dai numerosi residuati bellici e ordigni inesplosi.

La Forza Armata era anche impegnata con l'Alleanza Atlantica all'interno della quale, in breve tempo, riuscì a riscuotere rispetto e ammirazione. Fu proprio grazie alla considerazione che gli alleati avevano della Marina Militare che, nel 1977, il Comando delle Forze Navali Alleate per il Sud Europa fu trasferito da Malta a Napoli (Nisida) affidandone la responsabilità a un Ammiraglio italiano.

Le esigenze di riorganizzazione che caratterizzarono gli anni immediatamente successivi alla fine della Guerra Fredda imposero alla Marina Militare di diminuire la sua presenza sul territorio nazionale con la soppressione di alcuni Alti Comandi e, tra essi, anche quello partenopeo.

Nonostante ciò, a Napoli, la Forza Armata continuò a essere presente con un Distaccamento, anche se nella storica Base Navale la presenza di Unità navali divenne sporadica.

Negli anni 2005 e 2010, a testimonianza degli antichi e profondi legami storico-navali di Napoli con la Forza Armata, alla presenza del Presidente della Repubblica (Ciampi nel 2005 e Napolitano nel 2010), il 10 giugno la Marina Militare ha celebrato a Napoli la propria Giornata in ricordo di una delle più significative e ardite azioni compiute sul mare nel corso della 1ª Guerra Mondiale: l'impresa di Premuda da parte del Comandante Rizzo.

Con la recente ristrutturazione dello strumento militare italiano, la Marina Militare ha rivisto le proprie linee di sviluppo che vedono la Forza Armata strutturata su tre grandi pilastri: quello operativo per il comando e gestione delle Forze Navali e i Reparti Speciali (CINCNAV e COMSUBIN), quello formativo, basato ad Ancona, costituito dagli istituti di formazione come l'Accademia Navale di Livorno, le Scuole Sottufficiali di Taranto e La Maddalena, nonché l'Istituto di Studi Militari di Venezia, e quello logistico con l'omonimo comando con sede a Napoli.