La fondazione dell’Istituto Idrografico della Marina risale al 1872, quando con Regio Decreto datato 26 dicembre  venne fondato l’Ufficio Idrografico della Regia Marina, che andava a sostituire l’Ufficio Centrale del Servizio Scientifico della Marina, a Livorno. Come collocazione venne scelto l’edificio di Forte San Giorgio a Genova, già sito dell’Osservatorio Astronomico. La scelta della città ligure fu naturale, tenuto conto della vocazione marittima dell’ex repubblica marinara, che in quegli anni ospitava l’Ammiragliato e la Scuola Superiore Navale, che formava idrografi e ingegneri navali.

A dirigere l’ente venne chiamato l’allora capitano di fregata Giovanni Battista Magnaghi, già figura di spicco nel panorama scientifico nazionale.
La denominazione di Istituto Idrografico della Regia Marina arrivò nel 1899 con Regio Decreto del 14 dicembre, nome mai più variato se non per l’abolizione del termine “Regio” quando l’Italia passò dalla monarchia alla repubblica nel 1946.