Il nome e la storia
L’unità porta il nome dell'ammiraglio Giovan Battista Magnaghi (1839-1902), fondatore nel 1872 dell’Istituto Idrografico della Marina, la cui figura è indissolubilmente legata allo sviluppo della cartografia nautica e del servizio idrografico nazionale.
La prima unità della Marina Militare che portò il nome dell’Ammiraglio Magnaghi prestò servizio dal 1918 al 1938, partecipando ad importanti spedizioni idro-oceanografiche in Mar Rosso e nel Canale di Sicilia. Tale unità andò in disarmo nel 1945.
L’unità attualmente in servizio è stata costruita nei Cantieri Navali Riuniti di Riva Trigoso ed è stata consegnata alla Marina Militare nel 1975. 

Prima unità idro-oceanografica progettata e costruita interamente in Italia per la Marina Militare. Rimodernata nel 1990-91. Le sue apparecchiature di rilevamento includono: quattro ecoscandagli singolo fascio con frequenze 33 e 210 KHz, un ecoscandaglio singolo fascio con frequenze di 12, 38 e 200 KHz, un ecoscandaglio multifascio  (50 KHz), due sonar a scansione laterale (rimorchiato e a scafo), sistemi di posizionamento satellitare GPS differenziali ed RTK ad alta precisione, un sistema di radioposizionamento a medio raggio, geodimetro per rilievi topografici, un mareometro portatile, un batitermografo XBT, una sonda CTD con sistema rosette per prelievo di campioni d’acqua a diverse profondità, un ROV con impianto TV a circuito chiuso, un carotatore, correntometri, benne Van Veen ed una centralina meteo.
Dispone di sistemi automatici di acquisizione ed elaborazione dati ai quali sono interfacciati i sensori idrografici ed oceanografici. E’ dotata di tre imbarcazioni per rilievi idrografici costieri e litoranei equipaggiate con ecoscandaglio singolo fascio (di cui una con sistema completo multi fascio), una imbarcazione per rilievi portuali e due gommoni.