La Brigata Marina San Marco comprende, sotto un unico Comando, le funzioni di proiezione di forza dal mare, di supporto alle Unità Navali in operazioni di interdizione marittima ed antipirateria e di difesa delle installazioni nazionali. Il reparto anfibio è difatti in grado di svolgere sul territorio nazionale e in ambito internazionale poliedriche missioni con l’obiettivo di far fronte in maniera sempre più efficace alle dinamiche esigenze operative della nostra Forza Armata.
I comandi dipendenti dalla Brigata, che hanno sede a Brindisi sono:
1° Reggimento “San Marco”;
2° Reggimento “San Marco”;
3° Reggimento “San Marco”;
Quartier Generale della Brigata;
Gruppo Mezzi da Sbarco;
Battaglione Scuole "Caorle"
La componente operativa della Brigata Marina San Marco è quindi composta dai tre reggimenti operativi e dal Gruppo Mezzi da Sbarco. Tali comandi hanno assunto nel tempo, adattandoti alle evolute necessità, nuove capacità operative e specializzazioni.
1° Rgt San Marco
E' l’erede storico della Fanteria di Marina, custodisce le tradizioni più gloriose legate al nome di San Marco ed è il tenutario della Bandiera di Guerra dell’allora Battaglione San Marco oltre che la Bandiera Colonnella. Grazie a un processo addestrativo intenso, È l’Unità preposta a condurre tutto lo spettro delle operazioni anfibie, riverine e terrestri, con grande rapidità, potenza di fuoco e capacità di manovra, connotazione, questa, delle forze anfibie con capacità "Commando". Il reparto porta inoltre avanti da tempo un progetto addestrativo in coordinamento con il Gruppo Operativo Incursori, mirato ad acquisire sempre più affini capacità “Combat Support”.
2° Rgt San Marco
Assicura lo svolgimento delle Operazioni di Interdizione Marittima, in supporto al controllo del traffico mercantile ed in difesa degli interessi nazionali nel Mediterraneo allargato. Ha anch'esso avviato un intenso processo addestrativo nell'ambito delle operazioni di boarding e sta, così, accrescendo con specifiche attività (moduli addestrativi avanzati) l'operatività delle sue Unità di "Boarding Team", dalla capacità non cooperative, a quella obstructed, fino alla capacità opposed.

3° Rgt San Marco
Il cui Comando ha sede presso la caserma Buffoluto nel comprensorio di Diremuni Taranto, ha il suo personale presente su tutto il territorio nazionale a difesa delle basi della nostra Marina. Il compito principale è di concorrere alla difesa delle basi e delle installazioni sensibili della Forza Armata su tutto il territorio nazionale. Altro compito di importanza fondamentale è quello inerente le attività di alta rappresentanza, condotte dalla Compagnia Onori Capitale e dal suo Plotone, unico in Italia, Silent Drill, capace di spettacolari dimostrazioni di abilità, fermezza e precisione.Il reggimento ha accresciuto ulteriormente la sua capacità operativa grazie all'ingresso dei nuclei cinofili.
Gruppo Mezzi da Sbarco (GMS)
Ha il compito di supportare dal mare e sul mare, le attività del 1° e del 2° Reggimento San Marco. In particolare, nell'ultimo periodo, contestualmente ai processi addestrativi intrapresi dai due reggimenti, il personale del GMS sta affinando la condotta dei mezzi navali veloci, mirate al supporto delle operazioni di boarding e d'assalto anfibio.Continua, inoltre, ad assicurare il movimento nave – terra dei mezzi da sbarco e la gestione della spiaggia di sbarco nelle operazioni anfibie.Recentemente il GMS ha ricevuto i nuovi Battelli d'Assalto Anfibio (BAA) - si tratta di battelli a chiglia e tubolari rigidi in materiale espanso resistenti agli urti, dotati di supporti per le armi di reparto di vario calibro – destinati principalmente alle attività anfibie del 1° Reggimento e alle attività
riverine. Importante sottolineare che i mezzi in dotazione al GMS siano dotati di spiccate capacità di Comando e Controllo (scambio dati, riporto automatico della propria posizione – Blue Force Tracking) e possono quindi contribuire all’ottenimento di una adeguata Situational Awareness.Tali caratteristiche rendono questo tipo di imbarcazioni particolarmente idonee anche al supporto delle attività "dual use".
I comandi dipendenti e di supporto alla Brigata Marina San Marco sono invece:
Quartier Generale della Brigata Marina
Il Quartier Generale raggruppa in se tutti quegli assetti che con la componente stanziale assicurano il funzionamento delle infrastrutture sul territorio nazionale. Con il Reparto Tecnico di Manutenzione assicura le capacità di primo intervento tecnico su tutte le apparecchiature elettroniche, optoelettroniche e di armamento oltre che dei circa 500 mezzi tattici e logistici.
Battaglione "Caorle"
è l'istituto di formazione del "San Marco", composto da uno staff di istruttori altamente qualificato, alcuni dei quali specializzati presso lo US Marine Corps, avente il delicato incarico di "forgiare i giovani leoni" da cui il motto "Fucina Leonis". Difatti attraverso un percorso formativo a difficoltà crescente il fuciliere di Marina acquisisce le conoscenze e le capacità per assolvere i successivi incarichi operativi.
L'iter formativo spazia da Corsi di Abilitazione Anfibia a moduli di formazione basica, fino ad altri corsi addestrativi avanzati e specialistici.
Difatti il Fuciliere di Marina, durante la sua vita operativa, transita dal Battaglione Scuole “Caorle” per acquisire ulteriori skills che ne elevano la professionalità, come i corsi da tiratore scelto anfibio, per diventare recon, osservatori del fuoco di supporto, missilisti, mortaisti e pionieri.
Inoltre, il Battaglione Caorle è l'unico Ente preposto alla certificazione dei soccorritori militari e all'abilitazione del personale sanitario in medicina da combattimento.
Questa fondamentale attività formativa, mirata allo sviluppo delle qualità psico-attitudinali dei frequentatori attraverso il rafforzamento del carattere, dell'entusiasmo, dell'interiorizzazione dei valori etico-militari quali l'onore, il coraggio e lo spirito di sacrificio, oltre ad una meticolosa cura della forma fisica, ha fatto sì che l’ente formatore della Brigata divenisse un punto di riferimento della Forza Armata per la formazione del personale.
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