I corsi di formazione sono suddivisi in due macro categorie, i corsi ordinari, per la formazione di base dei Volontari in Ferma prefissata Iniziale (VFI) e dei graduati (corso Sergenti) e i corsi speciali, per la formazione specialistica e l'abilitazione di sottufficiali o graduati di diverse categorie (corsi per guardia in plancia, per equipaggi delle motovedette e dei piccoli natanti, per la gestione degli apparati motore, dei sistemi di refrigerazione, ecc.). 

I corsi hanno una spiccata connotazione pratica, con una importante fetta di attività svolte sul mare. Si passa dall'addestramento ai mezzi navali, alla vela, la voga, il nuoto da salvamento, le esercitazioni di ricerca e soccorso, la conduzione di motori e macchinari marini e le esercitazioni marinaresche. In questo ambito La Maddalena e le strutture di Mariscuola, che dispone di un'ampia banchina e diversi mezzi nautici, oltre a laboratori e officine con macchinari marini, offre una cornice unica, dove i frequentatori passano dalle lezioni in aula alle attività in mare, alle prove in piscina ed esercitazioni in officina, sempre rimanendo all'interno dello stesso istituto.

In questo ambito Mariscuola La Maddalena si pone come polo di riferimento per il conseguimento di una ventina di diverse abilitazioni specialistiche per il personale militare, della Marina di altre Forze Armate.