Mariscuola La Maddalena dipende, con gli altri istituti di formazione, dal Comando Scuole della Marina, con sede ad Ancona, responsabile della selezione del personale e dell'organizzazione formativa della Forza armata. Il compito principale della Scuola è di provvedere alla formazione del personale non direttivo della Marina.

Più in particolare Mariscuola La Maddalena svolge corsi di formazione di base per le categorie Nocchieri, Nocchieri di Porto e Tecnici di Macchina del ruolo Sergenti, Graduati e Truppa. La scuola, inoltre, assicura la formazione di altro personale – sottufficiali e graduati – della Forza armata, di quello di altre Forze armate o Corpi armati dello Stato, di personale civile e, in base agli accordi internazionali in vigore, di militari di Forze armate estere.

Mariscuola svolge inoltre importanti funzioni logistiche e di supporto quale comando di Presidio per gli enti e comandi che insistono sul territorio, nonché assistenza alle navi della Squadra Navale, come base navale di appoggio operativo della sede, attraverso un nucleo servizi portuali