​Nel 1937 sull'isola di S. Elena, ultima propaggine di Venezia, venne inaugurato il complesso di edifici destinati ad ospitare il "Collegio Navale della Gioventù Italiana del Littorio", che aveva il compito di preparare i giovani al servizio nella Regia Marina.

Dopo la chiusura del Collegio, avvenuta nel 1943, la struttura ospitò dal 1946 al 1959 i corsi delle Scuole Sottufficiali della Marina Militare.

Nell’ottobre del 1961, nello stesso edificio, la Marina Militare ha istituito il Collegio Navale con lo scopo preminente di suscitare nei giovani l’interesse alla vita sul mare, orientandoli verso le attività ad esso connesse. Il rinato Collegio Navale è stato intitolato, in omaggio a Venezia, a Francesco Morosini, grande Ammiraglio e stratega della Repubblica Veneta che si distinse nel '600 nella guerra di Candia contro l'Impero Ottomano.

Con decreto legislativo n° 464 del 28 novembre 1997 è stata istituita la scuola navale militare. Dall'Anno Scolastico 2001/2002, con il nuovo Ordinamento Istituzionale, gli allievi assumono lo status di militare. Il Morosini è una scuola di istruzione di secondo grado dove si svolgono gli ultimi tre anni del liceo scientifico e classico tradizionale il cui obiettivo è quello di istruire i giovani e suscitare in essi l’interesse alla vita sul mare orientandoli verso le attività ad esso connesso, integrandolo con una formazione pre-universitaria di eccellenza che consenta ai frequentatori sbocchi professionali di prestigio, non indirizzati esclusivamente all’arruolamento nelle Forze Armate, ma anche all’impiego nel mondo civile.

Essa fornisce un bagaglio culturale e di esperienze, completato con un’azione educativa tesa all’elevazione morale e allo sviluppo della personalità degli allievi attraverso il consolidamento dei principi di dignità e di solidarietà umana. Alla scuola si accede con il superamento di un concorso nazionale, come da Bando di Concorso Annuale su Gazzetta Ufficiale della Repubblica.

Il percorso educativo e didattico richiede un’applicazione costante e determinata in tutte le attività che scandiscono il ritmo quotidiano della vita dell’allievo, in cui correttezza, ordine e senso del dovere devono essere posti al servizio della collettività. Le lezioni scolastiche sono sviluppate secondo il piano di studi del Ministero dell’Istruzione, dell’Università e della Ricerca.

I frequentatori si confrontano nelle discipline marinaresche, quali vela, canottaggio nuoto e voga veneta, e sportive in genere, la gran parte sviluppate all’interno dello stesso Istituto che, con i suoi impianti, mezzi ed imbarcazioni, rappresenta un riferimento sportivo e addestrativo di assoluto livello. Gli allievi fanno parte delle rappresentative d’Istituto e partecipano ai Campionati Studenteschi e a vari tornei extra – scolastici. All’interno dell’Istituto sono presenti sistemi multimediali rispondenti alle rinnovate esigenze didattiche attuali.

Completano questo bagaglio di esperienze le attività formative ed addestrative invernali ed estive tra le quali: la settimana di ambientamento montano in strutture dell’Esercito Italiano, la visita a Comandi ed Enti di tutte le Forze Armate e le Campagne Addestrative Estive sulle Unità navali della Marina Militare e rappresentano un momento di crescita personale e un’occasione di conoscenza e contatto con diverse realtà militari per una eventuale scelta più consapevole al termine del percorso scolastico. Tutto ciò viene condotto con l’impiego di personale civile e militare che garantisce un livello di formazione altamente qualificato.

L’ex Ministro della Difesa Gianpaolo Di Paola e l’ex Capo di Stato Maggiore della Difesa Ammiraglio Luigi Binelli Mantelli sono stati allievi di questa scuola navale militare.