Il Comando Flottiglia Sommergibili ha sede a Taranto e dipende dal Comando dei Sommergibili della Marina (MARICOSOM) che ha sede a Roma ed è la Submarine Operation Autority nazionale (SUBOPAUTH) che, per delega permanente di CINCNAV, mantiene il Controllo Operativo dei Sommergibili in mare e coordina le attività lavorative dei Sommergibili in sosta lavori.

Il Comando della Flottiglia Sommergibili ha alle sue dipendenze otto Unità, quattro di tipo convenzionale a propulsione diesel/elettrica della classe Sauro (Prini, Pelosi, Gazzana e Longobardo) e quattro nuovi battelli a propulsione ibrida e ad elevato contenuto tecnologico del tipo U212A (Todaro, Scirè, Venuti e Romei) frutto di una cooperazione governativa fra Italia e Germania che ha portato alla condivisione dei costi di progettazione, costruzione e mantenimento in vita dei sottomarini.

Il Comandante della Flottiglia è un "force provider", avendo come compito principale quello di assicurare alla Squadra Navale (CINCNAV) sottomarini efficienti e con Equipaggi addestrati ad operare in ogni contesto operativo. Fiore all'occhiello del Comando sono il Servizio Tecnico Logistico che garantisce con il suo personale tutte le attività tecniche, logistiche e amministrative tipiche di un supporto di aderenza (anche nel corso delle soste all'estero) per gli otto battelli in linea pronti per missione e la "Scuola Sommergibili" in cui vengono formati ed addestrati tutti i sommergibilisti.